PENGGUNAAN PCR UNTUK ANALISIS
SIDIK-JARI DNA MENGGUNAKAN SATU PRIMER TUNGGAL
Analisisi
sidik-jari DNA (DNA fingerprinting)
adalah suatu metode analisis genetik yang didasarkan atas pola RFLP suatu
materi genetik. Diketahui bahwa pola lokus polimorfik tersebut spesifik untuk
masing-masing individu. Spesifitas pola polimorfisme tersebut dapat dideteksi
dengan melakukan hibridisasi menggunakan suatu pelacak DNA tertentu. Pelacak
DNA tersebut akan berhibridisasi dengan suatu daerah minisatelit hipervariabel.
Analisis sidik jari-DNA dilakukan dengan cara memotong sampel DNA dengan satu
atau lebih enzim restriksi, kemudian dilakukan elektroforesis pada gel agarose.
DNA pada gel kemudiam dipindahkan ke suatu membran dan dihibridisasikan dengan
suatu pelacak.
Dengan
adanya metode PCR, analisis sidik-jari DNA dapat dilakukan pada sampel DNA
dalam jumlah sangat sedikit. Tenik analisisi sidik-jari DNA tersebut telah
banyak digunakan untuk kepentingan forensik, analisis genom manusia, diagnosa
antenatal, penentuan hubungan kekeluargaan dan lain-lain. Amplifikasi
lokus-tunggal suatu minisatelit dengan PCR memerlukan informasi mengenai urutan
nukleotoda DNA yang akan diamplifikasi karena hal ini akan menentukan primer
yang digunakan. PCR biasannya dilakukan dengan menggunakan dua macam primer
yang sangat spesifik. Caetano-anolles et al.(1991) telah mengembangkan analisis
sidik jari DNA dengan amplifikasi, tetapi hanya menggunakan satu primer
tunggal. Metode ni tidak memerlukan pelacak DNA tertentu dan tidak memerlukan informasi
mengenai urutan DNA yang akan diamplifikasi. Oleh karena tidak perlu
dihibridisasi dengan suatu pelacak maka dalam metode ini juga tidak perlu
dilakukan pemindahan fragmen-fragmen DNA dari gel ke suatu membran. Metode ini
dikenal sebagai metode DNA Amplification
Fingerprinting (DAF).
Primer
yang digunakan dalam metode ini dapat berupa oligonukleotida yang panjangnya
hanya 5 nukleotida. Oleh karena hanya ada satu primer pendek dengan urutan
nukleotida yang tidak sangat spesifik maka tempat awal sintetis DNA dapat
terletak dibeberapa tempat di masing-masing untaian DNA. Meskipun demikian,
urutan nukleotida template yang dapat diamplifikasi hanya daerah yang terletak
di antara suatu tempat awal sintetis dengan suatu urutan nukleotida yang
terletak di dekatnya yang juga berhibridisasi dengan primer. Dengan adanya
siklus inkubasi pada beberapa suhu yang berbeda selama amplikasi maka akan
dihasilkan sekelompok fragmen DNA dengan ukuran pendek dan mempunyai panjang
yang berbeda-beda. Jika fragmen-fragmen tersebut dipisahkan dengan
elektroforesis pada gel akrilamid, akan dihasilkan suatu pola “sidik-jari”.
Metode ini telah berhasil digunakan unutk melakukan analisis sidik-jari DNA
yang berasal dari Bradyrhizobium sp, Candida albican, Azolla amma, Glycine soja
dan lain-lain. Beberapa primer yang digunakan untuk analisis adalah sebagai
berikut:
1. 5’-CGCGGCCA-3’
2. 5’AATGCAGC-3’
3. 5’-GCCCGCCC-3’
4. 5’-CGGCGGCGG-3’
Metode
sidik-jari DNA dengan amplifikasi ini dapat dikembangkan lebih lanjut dengan
menggunakan primer yang berbeda ururtan nukleotidanya. Primer yang berbeda
tersebut akan menghasilkan pola “sidik-jari” yang berbeda karena primer
tersebut akan menempel pada daerah DNA tempalte yang berbeda. Modifikasi
semacam ini telah digunakan untuk amplifikasi DNA genom Staphylococcus aureus, kedelai (Glycine
max L. Meer. Cv. Bragg), dan DNA dari manusia. Diketahui bahwa primer yang
mengandung lebih banyak G+C akan menghasilkan lebih banyak produk amplifikasi.
Salah
satu potensi metode ini adalah untuk deteksi perbedaan genetis pada suatu genom
manusia. Jika digunakan primer yang tertentu untuk amplifikasi genom manusia
maka individu-individu yang tidak mempunyai hubngan kekeluargaan akan
menunjukan polimerfisme yang berbeda dibanding individu-individu yang mempunyai
hubungan kekeluargaan.
(Yuwono,Triwibowo.2006.Teori dan aplikasi Polymerase Chain Reaction.Yogyakarta:
ANDI)
